Die Geschichte der Goetheschule begann 1872 mit dem Kauf eines günstigen Grundstücks am Königsplatz, dem heutigen Dohnaischen Platz, für 7200 Taler. 1873 wurde das Schulgebäude für die Baukosten von 48000 Taler fertiggestellt. Am 6. Oktober 1873 fand die feierliche Einweihung des Schulhauses statt.
Die Schule gliederte sich zur damaligen Zeit in die 2. Bürgerschule mit ermäßigtem Schulgeld, mit durchschnittlich 51 Schülern pro Klasse und 18 Stunden Unterricht pro Woche sowie die 3. Bürgerschule für die Kinder der armen Leute, mit nochmals ermäßigtem Schulgeld, mit durchschnittlich 58 Schülern pro Klasse und 16 Stunden Unterricht pro Woche.
Später erfolgte die Umbenennung der 2. und 3. Bürgerschule in “mittlere“ und “einfache“ Volksschule. 1876 wurden erste Klagen über Raummangel laut. Weitere Klagen, wie ein zu kleiner Schulhof und dasVersagen der Heizung, rissen bis 1879 nicht ab. Im Jahre 1878 erfolgte der Bau der Schulturnhalle. Im Sommer 1880 wurde der Ostflügel an der heutigen Dr.-Wilhelm-Külz-Straße errichtet. Raummangel herrschte weiterhin, so daß bis zum Februar 1896 ein weiterer Anbau, der Südwestflügel erfolgte (heutige Breite-Straße). Die Schule erhielt damit ihr heutiges Aussehen.
Die Anzahl der Schüler stieg permanent. Waren es noch 1331 Schüler zur Jahrhundertwende, die die Räume der Goethe- und der damals noch angeschlossenen Schillerschule bevölkerten, so waren es bereits 1725 Schüler im Jahre 1912. Ein Jahr später erhielt die Schule weitere nützliche Einrichtungen, z.B. ein Schulbrausebad und eine Zentralheizung. Vorher gab es nur eine Ofenheizung.
Anfang 1917 standen durch den Ersten Weltkrieg nur 21 der erforderlichen 37 Lehrer zur Verfügung. In den Kriegsjahren führte der Kohlemangel zum Ausfall der Schule im Winter und die Turnhalle wurde während der Kriegsjahre teilweise zur Ausbildung von Soldaten genutzt. Die Umbenennung von mittlerer Volksschule in allgemeine Volksschule erfolgte 1918.
Die wichtigste Errungenschaft dieser Zeit war der schulgeldfreie Unterricht. Die heutige Goetheschule wurde zur “ Mädchenschule Pirna“. Zu den historischen Randbemerkungen gehört die 1924 eingeführte Schulzahnpflege. Bis zum Jahr 1925 nahm die Schülerzahl auf 903 Schüler ab. Durch Einziehung der Lehrer zum Kriegsdienst wurde der Unterricht ab 1939 stark gekürzt. Die Fächer wurden beschränkt auf Deutsch, Mathe und Geschichte. Das Fehlen von Schreibheften und Lehrbüchern war auf den damaligen Papiermangel zurückzuführen.
Durch die Häufung von Infektionskrankheiten in Pirna wurde die Schillerschule als Hilfskrankenhaus eingerichtet. Dadurch wurden die Klassen in den Ostflügel der Goetheschule verlegt.
Im Januar 1943 kam es zu zeitweisen Schließungen der Schule wegen Kohlemangels. Die Klassenzimmer wurden zur Unterbringung von Gastkindern aus bombengefährdeten Gebieten West – und Norddeutschlands genutzt. Ab dem Sommer 1943 wuchs auch die Luftgefahr im Pirnaer Raum und dies führte zu weiteren Stundenausfällen. Zum vollständigen Zusammenbruch des Schulbetriebs kam es im Januar 1945 durch die Flüchtlinge aus den Ostgebieten, die in die Schule einquartiert wurden. Nach dem Bombenangriff auf Dresden mußten alle Lehrer bei der Flüchtlingsbetreuung helfen. Ab dem 16. April fiel der Unterricht total, aus weil alle Lehrer und Mädchen über 13 Jahre zum Ausheben von Schützengräben gehen mußten. Am 19. April 1945, beim Luftangriff auf Pirna, wurde die Schule leicht beschädigt, das Dach wurde fast völlig abgedeckt und Türen und Fenster rissen heraus. Die in der Schule untergebrachten Flüchtlinge begannen die Einrichtungsgegenstände in ihrer Not zu verheizen.
Am 1. Oktober 1945 begann ein neues Schuljahr. Alle Lehrer, die der NSDAP oder ihren Nebenorganisationen angehörten, wurden aus dem Schuldienst entlassen. Am 31. Januar 1947 erhielt die Schule den Namen “Goetheschule‘. Gleichzeitig wurde die 45-Minuten-Unterrichtsstunde erstmalig eingeführt.
1949 gaben Handwerker, Betriebe und Organisationen kostenlos den Zimmern und Gängen der Goetheschule ein sauberes und freundliches Aussehen. Volksschulklassen und Unterklassen wurden zur einheitlichen Grundschule zusammengeschlossen. Außerdem entstand eine Schulfunkanlage durch freiwilligen Einsatz einer Arbeitsgemeinschaft von Mädchen unter der Leitung des Physiklehrers. Im Herbst 1951 wurde zum ersten Mal eine Frau Direktorin der Goetheschule Pirna, Frau Naroschny. 1954 wurden gemischte Klassen mit Jungen und Mädchen eingeführt. Seit 1960 konnte man die Schule bis zur 9. und 10. Klasse besuchen.
Die Gottleuba-Hochwasser-Katastrophen im Jahre 1957 und 1959 zerstörten die Werkenräume im Kellergeschoß. Lehrer, Eltern und Schüler halfen daraufhin bei der Wiederherstellung.
Mit Beginn der 60iger Jahre wurde der Übergang in die zehnklassigen polytechnische Oberschule eingeleitet. Die Schüler erhielten Unterricht in den neuen Fächern UTP und ESP (UTP = Unterrichtstag in der Produktion; ESP = Einführung in die sozialistische Produktion).
1960 wurde eine Hortbaracke im Friedenspark gebaut und es erfolgte der Ausbau der Zimmer 23 und 26 für Schülerexperimente in Biologie und Chemie. Im Schuljahr 1963/64 wurde die gesamte Heizungsanlagen erneuert sowie Doppelfenster eingebaut. Die Kellerräume neben der Hofeinfahrt wurden 1970 zu Essenräumen umgebaut.
Im Jahre 1972 riss man den gesamten Schornstein vom Keller bis zum Boden ab und baute ihn neu. Zwei Jahre später rekonstruierte man die Entwässerungsleitungen und die Toiletten.
1990, wurde aus der „Goethe-Oberschule“ die Goethe-Grund-und-Oberschule.
Bereits 1991 installierte man eine Ölheizungsanlage, die 1997 für Erdgasbetrieb umgebaut wurde. Die Fertigstellung einer modernen Lehrküche für den Profilunterricht Hauswirtschaft erfolgte 1993. Von 1996 bis 1997 wurden der Dachstuhl des altehrwürdigen Gebäudes erneuert, das Dach mit Schieferschindeln gedeckt, eine Blitzschutzanlage installiert und Kupferdachrinnen angebracht. 1996 machte sich ein Neubau der Toiletten notwendig. Die alten Toilettenanlagen wurden abgerissen.
Mit Auflösung der ehemaligen Grund-und-Mittelschule „Johann Wolfgang von Goethe“ und der Grund-und-Mittelschule „Gotthold Ephraim Lessing“ entstand im Sommer 1997 die Goethe-Mittelschule. Seit dem Schuljahr 1997/98 verfügt die Goethe-Mittelschule über weitere moderne Fachkabinette, wie ein neues Computerkabinett und zwei Physikräume.
Im gleichen Schuljahr wurden Teile des Schulhauses und Unterrichtsräume renoviert. Seit Beginn des Schuljahres 1998/99 verfügt die Goethe-Mittelschule auch über eine neue Schulküche und einen Speiseraum.
Nach dem Hochwasser 2002 wurde das altehrwürdige Gebäude komplett renoviert und durch den Staatsminister Prof. Dr. Karl Mannsfeld im Schuljahr 2004/2005 seinen Nutzern zurückgegeben. Somit standen den Schülern und Lehrern im Herzen Pirnas moderne Unterrichtsräume zur Verfügung. 2013 war das Gebäude erneut von einem Hochwasser betroffen. Die Kellerräume und die Turnhalle mussten daraufhin aufwändig getrocknet und saniert werden. Einige Fachräume, die sich im Keller befanden, wurden nunmehr in das Erdgeschoss verlegt.
Ebenfalls im Jahr 2013 wurden im Freistaat Sachsen alle Mittelschulen in Oberschulen umbenannt und die Schule bekam ihre aktuellen Namen.